1989 yılında Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'ne naklen geçiş yaptı.1990'da "Osmanlı Taşra Teşkilatında Tokat (1455-1574)", isimli çalışmasıyla Tarih Doktoru ünvanını aldı.1991'de Yrd. Doç., 1997'de ise "Uyvarın Osmanlılar tarafından fethi ve idaresi (1663-1685)" isimli taktim teziyle Doçent oldu.

2003 te Profesör kadrosuna atanan Şimşirgil, Seyyid Muradi’nin kaleme aldığı Barbaros Hayreddin Paşa’nın gazalarını “Kaptan Paşa’nın Seyir Defteri” ismiyle sadeleştirerek yayınladı. Ayrıca “Kayı 1”, “Kayı 2”, ve “Taşa Yazılan Tarih Topkapı Sarayı” isimli eserlerinin yanı sıra Osmanlı şehir tarihi, siyasi hayatı ve teşkilatıyla ilgili çeşitli dergilerde yayımlanmış çok sayıda ilmi makalesi bulunmaktadır.  Halen aynı  üniversitede öğretim üyesi olarak göreve devam etmektedir . Evli ve üç çoçuk babasıdır.