I. Mustafa’nın doğum tarihi ve annesinin adı tam olarak bilinmemektedir. Annesinin adı bazı kitaplarda Handan Sultan olarak gösterilse de doğru değildir. İstinsah tarihi Hicri 1297 (1878) olan el yazması bir silsile mecmuasında I. Mustafa’nın annesinin ismi “Halime Sultan” olarak geçmektedir. Şehzade Mustafa, annesinin adı kesin olarak bilinmeyen ve kardeşinin yerine tahta geçen ilk padişah olması bakımından önemlidir.
Osmanlı sultanlarının on beşincisi ve İslam halifelerinin seksenincisidir. Sultan III. Mehmed Han’ın oğludur. 1591 senesinde Manisa’da doğdu. İstanbul’da, yani babasının saltanatı sırasında doğduğunu söyleyen kaynaklar da bulunmaktadır.
Babasının 1595 tahta cülus için Manisa’dan ayrılmasının ardından diğer kardeşleriyle birlikte İstanbul’a götürüldü. Zayıf vücutlu, minyon yapılı, solgun fakat güzel yüzlü idi. Sakalları seyrekti. İri siyah gözlü, solgun bakışlı idi. Yaşamı daha çok Üsküdar ve Davudpaşa Sarayı’nda geçmiştir.
I. Mustafa, babası III. Mehmed Han’ın vefat ettiğinde (1603) on iki yaşında bulunuyordu. Kendisinden iki yaş büyük olan ağabeyi Ahmed’in tahta çıktığı sırada hanedanın geride kalan tek erkek üyesi olmuştu. Zira on dört yaşında saltanata geçen I. Ahmed Han’ın henüz bir erkek varisi yoktu. Bu itibarla kardeşi Mustafa’nın hayatına dokunulmadı.
Daha sonra Sultan I. Ahmed’in oğulları dünyaya gelince her ne kadar hayatı tehlikeye girdi ise de gerek şehzadelerin küçük yaşta olması ve gerekse Şehzade Mustafa’nın daha o yıllarda beliren ruh sağlığının bozukluğu kendisine yönelik bir harekete girişilmesini önledi, öte yandan III. Mehmed Han’ın on dokuz kardeşini öldürtmüş olmasının sarayda meydana getirdiği üzüntü ve kederin izleri de silinmemişti. Bu itibarla Valide Kösem Sultan’ın girişimleri de İbrahim’in öldürülmemesinde oldukça etkili oldu.
I. Mustafa’nın kardeşi Sultan Ahmed tarafından hayatı bağışlanmış olsa da Harem-i Hümayunda şehzadeler dairesinin bir odasına kapatılmıştı. On dört yıldan beri kafes denilen bu yerde yaşıyordu.
I. Mustafa’nın aklî zayıflığı daha ilk saltanatı sırasında biliniyordu. Zamanla düzeleceği düşünülmüş ise de bir ilerleme olmamış ve onun bu şahsi zafiyetleri çeşitli çevrelerce istismar edilmiştir. Bu nedenle tahttan indirildikten sonra yeğeni II. Osman dönemindeki mahpus hayatı, ikinci kez tahta getiriliş şekli ve Sultan II. Osman’ın feci bir şekilde öldürülmesi gibi olaylar onu daha da etkilemişti.
Sultan Mustafa’nın bu durumu, bazı Batı kaynaklarında, saray koridorlarında oraya buraya koşarak kapıları çalıp Osman’ın adını haykıran ve kendisini saltanat yükünden kurtarması İçin feryat eden biri olarak resmedilmiş olup bunların tamamı uydurmadır.
Onun aklî melekelerinde görülen zayıflık haris ve muhteris devlet adamlarına fırsat vermiştir. Bunlar iktidarda kalabilmek uğruna askerleri tahrik etmişler ve onlara hesapsız para dağıtarak hazinenin perişan olmasına yol açmışlardır. Keza son dönemde birkaç defa verilmiş olan cülus bahşişleri nedeniyle, hazinede altın ve gümüş eşyadan para kestirmek mecburiyetinde kalınmış ve bu durum hazineye ikinci bir darbe olmuştu.
Sultan I. Mustafa’nın İstanbul’da adına yapılmış hiçbir hayratı bulunmamaktadır. Hastalığı sebebiyle hasekisi, odalığı, dolayısıyla çocuğu da yoktu. İyi bir eğitim de alamamıştı. Hatt-ı hümayunlarını cariyesi Sanuber’e yazdırdığı rivayet edilmektedir.
Sultan I. Mustafa aklî dengesi yerinde olmadığından farklı davranışları nedeniyle “deli” diye anıldığı gibi “derviş-meşreb” sıfatlarıyla anılmıştı.
Sultan Mustafa’nın hastalıktan ziyade cezbe halinin bulunduğunu ve hareketlerinin normal olduğunu ifade eden en önemli kaynak Topçular Kâtibi Abdülkadir Efendinin eseridir.
Onun 26 Şubat 1618 tarihine kadar süren saltanatı sırasındaki icraatı hakkında kaynaklarda fazla bilgi yoktur. Yalnız Topçular Kâtibi Abdülkadir Efendi onun faaliyetleri hakkında orijinal bilgiler verir. Buna göre Sultan Mustafa, sürekli biçimde dışarı çıkıp av faaliyetlerine katılmaktadır. Zaman zaman silah, tüfek, ok, yay ve kalkan gibi askerî teçhizatı görmek için yanma getirtmekte ve incelemektedir. Beğendiklerini imal eden ustalara bahşişler vermektedir.
Hatta Tophaneye gidip oradaki toplan hayranlıkla inceleyip top atışı yaptırmaktadır. Tersaneyi dolaşıp gemilerin durumunu inceler. Ulemaya, tekke şeyhlerine ve fakirlere ihsanda bulunur. Bunlara göre sadaka vermeyi çok severdi. Hatta sarayın havuzuna hizmetçilerin toplaması için para atardı. Saraydaki hayatını ibadet ederek, din! eserler okuyarak geçiriyordu. Tahta geçmesi için ikinci kez davet edildiği zaman, odasında Kur’ân-ı Kerim okuduğunu ve padişahlık istemediğini bildirmişti. Nitekim saltanatta gözü olmadığı için ikinci hal’inde de en küçük bir memnuniyetsizlik göstermemiş ve tahttan sevinçle feragat etmiştir.