Evliyânın büyüklerinden. Silsile-i aliyye denilen büyük âlim ve velîlerin yirmi birincisidir. 1512 (H.918) de Buhârâ’nın Emkene (İmkene) kasabasında doğdu. 1599 (H.1008) senesinde doksan yaşındayken Emkene’de vefât etti.
Evliyânın büyüklerinden Dervîş Muhammed hazretlerinin oğlu ve Muhammed Bâkî-billâh hazretlerinin hocasıdır. Din ve fen ilimlerini babasından öğrendi. Yine babasından feyz alarak tasavvufta yetişip kemâle erdi. Ruh ilimlerinin mütehassısı idi. Bütün ömrü; İslâmiyete hizmetle ve Peygamberimizin (sallallahü aleyhi ve sellem), güzel ahlâkını insanlara duyurmakla ve öğretmekle geçti. Hâcegî Emkenegî (İmkenegî) hazretleri, dünyevî sıkıntıları çok olduğu zamanlarda bile, talebeleri yetiştirmekle meşgul olurdu. Bir gün talebeleri ile dikenlik bir yerden geçiyordu. Bazılarının ayağında ayakkabı yoktu. Ayaklarına devamlı diken batıyor, gayet derinden acı ahlar çekiyorlardı. Buna rağmen, hocalarının peşinden gitmekten hiç geri kalmıyorlardı. Hâcegî Emkenegî hazretleri bir ara geri dönüp “Birâder! Izdırab veren diken batmadıkça, murad gülü açmaz!” dedi. Bu söz talebelerin pek hoşuna gitti.
Çok velî yetiştirdi. Yetiştirdiği velî zâtlardan en başta gelen talebesi, kendisinden sonra halîfesi olan Muhammed Bâkî-billah’tır. Muhammed Bâkî-billah bir gece rüyâsında Hâcegî Muhammed Emkenegî hazretlerini gördü. Ona; “Ey oğul! Senin yolunu gözlüyorum!” buyurdu. Bâkî-billah hazretleri buna çok sevindi hemen huzûruna gitti. Huzûruna varınca ona çok iltifât ve inâyet gösterip, yüksek hâllerini dinledi. Sonra üç gün üç gece birlikte bir odada başbaşa kalıp, sohbet ettiler. Hâcegî hazretleri ona feyz verip, yüksek fâidelere kavuşturdu. Sonra Bâkî-billah hazretlerine; “Sizin işiniz, Allahü teâlânın yardımı ve bu yüksek yolun büyüklerinin rûhlarının terbiyeleri ile tamâm oldu. Tekrar Hindistan’a gitmeniz îcâb ediyor. Çünkü bu Silsile-i aliyyenin, orada sizin sâyenizde parlayacağını görüyorum. Bereket ve terbiyenizden çok istifâde edip, büyük işler yapacak olanlar gelecek.” buyurdu.
Hâce Bâkî-billah kendilerini bu işe lâyık görmediğinden özür dilediyse de, Hâcegî Emkenegî, ona istihâre yapmasını emretti. Rüyâlarını Emkenegî hazretlerine anlattığı zaman, şu karşılığı aldılar: “Derhâl Hindistan’a gidiniz. Orada sizin bereketli nefeslerinizden bir azîz meydana gelecek, bütün dünyâ onun nûruyla dolacak. Hattâ, siz de ondan nasîbinizi alacaksınız!”
Hâce Bâkî-billah hazretleri Hindistan’da Serhend şehrine geldiği zaman, kendisine; “Kutbun etrâfına geldin!” diye ilhâm olundu. Bu kutb, İmâm-ı Rabbânî hazretleri idi. Böylece bu kıymetli tohum, Semerkand ve Buhârâ’dan getirilmiş, Hindistan toprağına ekilmiş oluyordu.
Hâcegî Muhammed Emkenegî hazretleri, ömrünün sonlarına doğru şu şiiri çok okurlardı:
Zaman zaman ölümü hatırlarım,
Bugün ne olacak ben de bilemem.
İsteğim Rabbimden dûr (uzak) olmayayım,
Başka ne olursa ona râzıyım.